Ist das etwa wonach Du suchst? Ob das dort verwendete Paket tkz-graph mit pdflatex verträglich ist, denke ich schon. Eine Alternative, die Du sicherlich ablehnst, ist die Verwendung des Programms XFig unter Linux, mit dem Du die Automaten selbst zeichnen kannst. Aber kommen wir zurück zu den Paketen. Eine weitere Seite auf die ich verweisen möchte und von der eine Verlinkung zu der obigen Seite erfolgt, ist
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http://altermundus.com/pages/graph.html